Esta Unidad está orientada a la modelación y análisis de las amenazas naturales y sus impactos en el territorio. Actualmente el trabajo se encuentra centrado en las amenazas hidrológicas y geológicas. Los líderes de la Unidad de Modelación de Amenazas Naturales son Diego Caamaño para la modelación de amenazas hidrológicas, y  Robert King para la modelación de amenazas geológicas, ambos académicos del Departamento de Ingeniería Civil.