Sistemas Resilientes: Esta línea se orienta a la generación de conocimiento para la reducción de la magnitud y duración de desviaciones desde un nivel de equilibrio en el funcionamiento de sistemas de infraestructura y socionaturales, mediante principios científicos de la ingeniería y el uso eficiente de los recursos, fomentando así el desarrollo de sistemas resilientes.

Sistemas Energéticos: Esta línea se orienta a la generación de conocimiento para la conversión, almacenamiento, transporte, distribución, demanda y uso final de fuentes de energía primaria y/o secundaria, mediante principios científicos de la ingeniería y el uso eficiente de los recursos, fomentando así la generación de energía eficiente y sostenible.

Sistemas Medioambientales: Esta línea se orienta a la generación de conocimiento para la evaluación del funcionamiento de sistemas naturales en un contexto socioambiental, considerando factores naturales y antrópicos, mediante principios científicos de la ingeniería y el uso eficiente de los recursos, fomentando así la sustentabilidad del medio ambiente.